Posted by on 12 września 2018

W zestawie de novo nakładające się sekwencje odczytu są łączone w celu utworzenia dłuższych ciągłych sekwencji. Czas narzut odnosi się do czasu obliczeniowego niezbędnego do konwersji formatu pliku, wyszukiwania sekwencji zidentyfikowanych dopasowań w bazie danych i klasyfikacji taksonomicznej wyrównanych odczytów. Łącznie 475 odczytów sekwencji pochodzących z próbki płynu mózgowo-rdzeniowego pacjenta (CSF) zmapowano do najbliższego dopasowanego genomu leptospira w referencyjnej bazie danych, Leptospira borgpetersenii (Panel B). Dystrybucja sekwencji bakteryjnych i wirusowych zidentyfikowanych w CSF pacjenta obejmowała propionibacteria, anelowirusy i bakteriofagi, które ogólnie uważa się za niepatogenną florę cielesną (panel C). Analiza filogenetyczna genu o pełnej długości rpoB pokazała sekwencje z reprezentatywnych serotypów, szczepów i gatunków leptospira, podkreślając szczep zidentyfikowany u pacjenta z piorunującym zapaleniem opon mózgowo-rdzeniowych (tymczasowo nazwany szczepem L. santarosai UW [University of Wisconsin]) (Panel D) . Pasek skali oznacza liczbę podstawień nukleotydowych na miejsce. Numery dostępu do GenBanku są podane w Dodatku Uzupełniającym. Tabela 1. Tabela 1. Testy diagnostyczne potwierdzające neuroleptospirozę. Po uzyskaniu pisemnej świadomej zgody od rodzica w imieniu pacjenta, został on zapisany do badania w celu wykrycia patogenu i jego wykrycia u hospitalizowanych pacjentów przy użyciu bezstronnego sekwencjonowania nowej generacji. Wraz z wysyłaniem CSF i próbek surowicy do sekwencjonowania nowej generacji, szerokie spektrum działania przeciwdrobnoustrojowego z cefepimem i wankomycyną rozpoczęto empirycznie z powodu gorączki sugerującej potencjalne zakażenie szpitalne (Figura 1B). W ciągu 48 godzin po otrzymaniu próbek (Figura 3A) analiza sekwencjonowania nowej generacji ponad 8 milionów sekwencji przy użyciu rurociągu bioinformatycznego do wykrywania wszystkich znanych patogenów wykryła odczyty sekwencji odpowiadające infekcji Leptospira w CSF pacjenta, ale nie w surowicy. Chociaż identyfikacja leptospira w CSF została później potwierdzona za pomocą ukierunkowanego PCR i sekwencjonowania Sangera przez dwa niezależne laboratoria (Tabela 1), podjęto decyzję o leczeniu pacjenta natychmiast po neuroleptospirozie, zanim możliwe było uzyskanie testów potwierdzających. W związku z tym glukokortykoidy były zwężane, a zasięg antybiotyków zawężono do wysokiej dawki dożylnej penicyliny G (13 milionów jednostek na dobę).
Pacjent stopniowo odzyskiwał siły przez następne 7 dni, z ustąpieniem swojego stanu padaczkowego, normalizacją jego CSF i ustąpieniem zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych obserwowanego na seryjnych skanach MRI (Figura 1A, 1B i 2D). Został zwolniony z rehabilitacji szpitalnej 14 dni po ukończeniu 7-dniowego kursu dożylnej penicyliny G
[więcej w: fizjoterapia w ginekologii i położnictwie, fala uderzeniowa łódź, powiększony lewy płat wątroby ]

Powiązane tematy z artykułem: fala uderzeniowa łódź fizjoterapia w ginekologii i położnictwie powiększony lewy płat wątroby

Posted by on 12 września 2018

W zestawie de novo nakładające się sekwencje odczytu są łączone w celu utworzenia dłuższych ciągłych sekwencji. Czas narzut odnosi się do czasu obliczeniowego niezbędnego do konwersji formatu pliku, wyszukiwania sekwencji zidentyfikowanych dopasowań w bazie danych i klasyfikacji taksonomicznej wyrównanych odczytów. Łącznie 475 odczytów sekwencji pochodzących z próbki płynu mózgowo-rdzeniowego pacjenta (CSF) zmapowano do najbliższego dopasowanego genomu leptospira w referencyjnej bazie danych, Leptospira borgpetersenii (Panel B). Dystrybucja sekwencji bakteryjnych i wirusowych zidentyfikowanych w CSF pacjenta obejmowała propionibacteria, anelowirusy i bakteriofagi, które ogólnie uważa się za niepatogenną florę cielesną (panel C). Analiza filogenetyczna genu o pełnej długości rpoB pokazała sekwencje z reprezentatywnych serotypów, szczepów i gatunków leptospira, podkreślając szczep zidentyfikowany u pacjenta z piorunującym zapaleniem opon mózgowo-rdzeniowych (tymczasowo nazwany szczepem L. santarosai UW [University of Wisconsin]) (Panel D) . Pasek skali oznacza liczbę podstawień nukleotydowych na miejsce. Numery dostępu do GenBanku są podane w Dodatku Uzupełniającym. Tabela 1. Tabela 1. Testy diagnostyczne potwierdzające neuroleptospirozę. Po uzyskaniu pisemnej świadomej zgody od rodzica w imieniu pacjenta, został on zapisany do badania w celu wykrycia patogenu i jego wykrycia u hospitalizowanych pacjentów przy użyciu bezstronnego sekwencjonowania nowej generacji. Wraz z wysyłaniem CSF i próbek surowicy do sekwencjonowania nowej generacji, szerokie spektrum działania przeciwdrobnoustrojowego z cefepimem i wankomycyną rozpoczęto empirycznie z powodu gorączki sugerującej potencjalne zakażenie szpitalne (Figura 1B). W ciągu 48 godzin po otrzymaniu próbek (Figura 3A) analiza sekwencjonowania nowej generacji ponad 8 milionów sekwencji przy użyciu rurociągu bioinformatycznego do wykrywania wszystkich znanych patogenów wykryła odczyty sekwencji odpowiadające infekcji Leptospira w CSF pacjenta, ale nie w surowicy. Chociaż identyfikacja leptospira w CSF została później potwierdzona za pomocą ukierunkowanego PCR i sekwencjonowania Sangera przez dwa niezależne laboratoria (Tabela 1), podjęto decyzję o leczeniu pacjenta natychmiast po neuroleptospirozie, zanim możliwe było uzyskanie testów potwierdzających. W związku z tym glukokortykoidy były zwężane, a zasięg antybiotyków zawężono do wysokiej dawki dożylnej penicyliny G (13 milionów jednostek na dobę).
Pacjent stopniowo odzyskiwał siły przez następne 7 dni, z ustąpieniem swojego stanu padaczkowego, normalizacją jego CSF i ustąpieniem zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych obserwowanego na seryjnych skanach MRI (Figura 1A, 1B i 2D). Został zwolniony z rehabilitacji szpitalnej 14 dni po ukończeniu 7-dniowego kursu dożylnej penicyliny G
[więcej w: fizjoterapia w ginekologii i położnictwie, fala uderzeniowa łódź, powiększony lewy płat wątroby ]

Powiązane tematy z artykułem: fala uderzeniowa łódź fizjoterapia w ginekologii i położnictwie powiększony lewy płat wątroby