Posted by on 11 września 2018

W momencie wypisu pacjent w znacznym stopniu wyzdrowiał, ale od czasu do czasu miał drgawki na twarzy od prostych napadów częściowych. Po 11 dniach rehabilitacji powrócił do domu pod koniec września (76 dni po przyjęciu do szpitala) w pobliżu swego przedoperacyjnego stanu funkcjonalnego. Zebrane 4 miesiące później CSF ujawniły 0 leukocytów i krwinek czerwonych, poziom białka 49 mg na decylitr i poziom glukozy 47 mg na decylitr (2,6 mmol na litr); CSF był ujemny dla leptospira w powtarzanych testach PCR (Tabela 1). Metody
Analiza próbek klinicznych pacjenta w celu identyfikacji potencjalnych patogenów została zatwierdzona przez instytutową komisję ds. Przeglądu na Uniwersytecie Wisconsin i na Uniwersytecie Kalifornijskim w San Francisco (UCSF). Biblioteki amplifikowanego DNA do sekwencjonowania nowej generacji skonstruowano z ekstrahowanego kwasu nukleinowego pochodzącego z próbek klinicznych, jak opisano wcześniej, 13,14, a następnie sprawdzono bibliotekę i sekwencjonowano na przyrządzie Illumina MiSeq. Odczyty analizowano za pomocą opartej na sekwencjach ultraszybkiej identyfikacji patogenu (SURPI), rurociągu bioinformatycznego opracowanego na UCSF w celu szybkiej klasyfikacji sekwencji odczytu nowej generacji w zależności od ich pochodzenia.15 Rurociąg SURPI najpierw identyfikuje i odejmuje sekwencje ludzkiego gospodarza, a następnie wyrównanie odczytów do sekwencji referencyjnych w bazach danych National Center for Biotechnology Information (NCBI), w tym wszystkich GenBank, w celu kompleksowej identyfikacji bakterii, wirusów, grzybów i pasożytów. Szczegółowe informacje dotyczące przetwarzania próbek, analizy sekwencjonowania nowej generacji, potwierdzenia PCR i analizy filogenetycznej znajdują się w Dodatku Uzupełniającym.
Wyniki
Szybka identyfikacja sekwencji Leptospira w CSF
Próbki płynu mózgowo-rdzeniowego i surowicy były przetwarzane w laboratorium klinicznym przy użyciu bezstronnego protokołu testu sekwencjonowania następnej generacji z czasem reakcji próbki do uzyskania wynoszącym 48 godzin7,16,17 (Figura 3A). Około połowa całkowitej objętości CSF (750 .l) była wcześniej traktowana DNazą przed ekstrakcją kwasu nukleinowego w celu wzbogacenia próbki do sekwencjonowania wirusa; pozostałą połowę nie poddano wstępnej obróbce (tj. nietraktowanemu CSF), a kwas nukleinowy ekstrahowano bezpośrednio w celu wykrycia bakterii, grzybów i pasożytów. Sekwencjonowanie następnej generacji czterech indywidualnie indeksowanych próbek, w tym próbki surowicy od niespokrewnionego pacjenta, który służył jako kontrola negatywna, dało 10 196 620 surowych odczytów. Łącznie 8 187 737 odczytów pochodziło z surowicy pacjenta, nietraktowanych CSF i CSF traktowanych DNazą, a pozostałe 2088883 odczytów odpowiadało próbce kontroli ujemnej. Pełny zestaw danych 10 196 620 surowych pojedynczych odczytów został przeanalizowany w około 100 minut przy użyciu SURPI.
W nietraktowanych CSF większość odczytów bakteryjnych (475 z 589 odczytów, 80,6%) odpowiadała rodzinie Leptospiraceae (ryc. 3B i 3C, i tabela S2 w dodatkowym dodatku), z mapowanymi odczytami obejmującymi najbliższy pełny pełny genom leptospira zdeponowane w referencyjnej bazie danych nukleotydów NCBI w tym czasie, L
[hasła pokrewne: fala uderzeniowa łódź, ile trwa przedłużanie rzęs, zabieg fala uderzeniowa ]

Powiązane tematy z artykułem: fala uderzeniowa łódź ile trwa przedłużanie rzęs zabieg fala uderzeniowa

Posted by on 11 września 2018

W momencie wypisu pacjent w znacznym stopniu wyzdrowiał, ale od czasu do czasu miał drgawki na twarzy od prostych napadów częściowych. Po 11 dniach rehabilitacji powrócił do domu pod koniec września (76 dni po przyjęciu do szpitala) w pobliżu swego przedoperacyjnego stanu funkcjonalnego. Zebrane 4 miesiące później CSF ujawniły 0 leukocytów i krwinek czerwonych, poziom białka 49 mg na decylitr i poziom glukozy 47 mg na decylitr (2,6 mmol na litr); CSF był ujemny dla leptospira w powtarzanych testach PCR (Tabela 1). Metody
Analiza próbek klinicznych pacjenta w celu identyfikacji potencjalnych patogenów została zatwierdzona przez instytutową komisję ds. Przeglądu na Uniwersytecie Wisconsin i na Uniwersytecie Kalifornijskim w San Francisco (UCSF). Biblioteki amplifikowanego DNA do sekwencjonowania nowej generacji skonstruowano z ekstrahowanego kwasu nukleinowego pochodzącego z próbek klinicznych, jak opisano wcześniej, 13,14, a następnie sprawdzono bibliotekę i sekwencjonowano na przyrządzie Illumina MiSeq. Odczyty analizowano za pomocą opartej na sekwencjach ultraszybkiej identyfikacji patogenu (SURPI), rurociągu bioinformatycznego opracowanego na UCSF w celu szybkiej klasyfikacji sekwencji odczytu nowej generacji w zależności od ich pochodzenia.15 Rurociąg SURPI najpierw identyfikuje i odejmuje sekwencje ludzkiego gospodarza, a następnie wyrównanie odczytów do sekwencji referencyjnych w bazach danych National Center for Biotechnology Information (NCBI), w tym wszystkich GenBank, w celu kompleksowej identyfikacji bakterii, wirusów, grzybów i pasożytów. Szczegółowe informacje dotyczące przetwarzania próbek, analizy sekwencjonowania nowej generacji, potwierdzenia PCR i analizy filogenetycznej znajdują się w Dodatku Uzupełniającym.
Wyniki
Szybka identyfikacja sekwencji Leptospira w CSF
Próbki płynu mózgowo-rdzeniowego i surowicy były przetwarzane w laboratorium klinicznym przy użyciu bezstronnego protokołu testu sekwencjonowania następnej generacji z czasem reakcji próbki do uzyskania wynoszącym 48 godzin7,16,17 (Figura 3A). Około połowa całkowitej objętości CSF (750 .l) była wcześniej traktowana DNazą przed ekstrakcją kwasu nukleinowego w celu wzbogacenia próbki do sekwencjonowania wirusa; pozostałą połowę nie poddano wstępnej obróbce (tj. nietraktowanemu CSF), a kwas nukleinowy ekstrahowano bezpośrednio w celu wykrycia bakterii, grzybów i pasożytów. Sekwencjonowanie następnej generacji czterech indywidualnie indeksowanych próbek, w tym próbki surowicy od niespokrewnionego pacjenta, który służył jako kontrola negatywna, dało 10 196 620 surowych odczytów. Łącznie 8 187 737 odczytów pochodziło z surowicy pacjenta, nietraktowanych CSF i CSF traktowanych DNazą, a pozostałe 2088883 odczytów odpowiadało próbce kontroli ujemnej. Pełny zestaw danych 10 196 620 surowych pojedynczych odczytów został przeanalizowany w około 100 minut przy użyciu SURPI.
W nietraktowanych CSF większość odczytów bakteryjnych (475 z 589 odczytów, 80,6%) odpowiadała rodzinie Leptospiraceae (ryc. 3B i 3C, i tabela S2 w dodatkowym dodatku), z mapowanymi odczytami obejmującymi najbliższy pełny pełny genom leptospira zdeponowane w referencyjnej bazie danych nukleotydów NCBI w tym czasie, L
[hasła pokrewne: fala uderzeniowa łódź, ile trwa przedłużanie rzęs, zabieg fala uderzeniowa ]

Powiązane tematy z artykułem: fala uderzeniowa łódź ile trwa przedłużanie rzęs zabieg fala uderzeniowa